Het desinfectieprincipe van natriumhypochloriet omvat hoofdzakelijk drie aspecten:
Hypochloorzuur wordt gevormd door hydrolyse, en hypochloorzuur ontleedt verder om nieuwe ecologische zuurstof te vormen. De sterk oxiderende eigenschap van nieuwe ecologische zuurstof denatureert stoffen zoals eiwitten op bacteriën en virussen, waardoor pathogene micro-organismen worden gedood.
Hypochloorzuur kan in bacteriën (virussen) doordringen en reageren met organische polymeren zoals bacteriële (virale) eiwitten, nucleïnezuren en enzymen, waardoor pathogene micro-organismen worden gedood.
De chloride-ionen die door hypochloorzuur worden geproduceerd, kunnen de osmotische druk van bacteriën en virussen aanzienlijk veranderen, waardoor hun cellen hun activiteit verliezen en afsterven.