Naast schadelijke stoffen zitten er talloze bacteriën en virussen in rioolwater. Daarom wordt chloordesinfectie op grote schaal gebruikt om bacteriën en virussen in het water te doden tijdens de effluentfase van leidingwater en rioolwaterzuiveringsinstallaties.
Bij de behandeling van industrieel circulerend koelwater wordt chloor ook gebruikt om algen te steriliseren en te verwijderen. Tijdens het koelwatercirculatieproces worden de voedingsstoffen in het water geconcentreerd door de verdamping van een deel van het water en zullen bacteriën en andere micro-organismen zich in grote hoeveelheden vermenigvuldigen en gemakkelijk slijmvuil vormen. Te veel slijmvuil leidt tot verstopping van de leidingen en corrosie.
Chlorering houdt meestal in dat chloor in water wordt geïnjecteerd om bacteriën en andere micro-organismen te doden, meestal in chloor in flessen.
Om de bacteriedodende werking te behouden, moet het resterende chloor altijd op {{0}},5 ~ 1mg/L in het geloosde water worden gehouden en aan het einde van het waterleidingnetwerk op 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.